Gründung
Als in den Jahren nach der vorletzten Jahrhundertwende das Verbindungsleben mehr und mehr die damaligen Studenten in Anspruch nahm und Kommerse, Kneipen und Bälle sowohl deren eigentliches Studium wie auch das studentische Budget arg in Mitleidenschaft zogen, regte sich in den Kreisen der damals einzigen deutschschweizer Freiburger Verbindung des Schweizerischen Studentenvereins (Schw. StV) – der AKV Alemannia – Widerstand. Die herrschenden Sitten waren zu streng, um einem vernünftiges Studienalltag nachzugehen und sogenannte Bummelsemester waren eher die Regel als die Ausnahme. Zudem kam das Verbindungswesen, obwohl damals die Mitgliedschaft in einer Verbindung für die Studenten die Regel war, immer stärker in Verruf.
Im Jahr 1918 kam es deshalb zu einer qualitativen Trennung – ein Teil der Alemannia spaltete sich ab und gründete eine eigene Verbindung, die AV Fryburgia. Die AV Fryburgia wollte sich stärker auf den eigentlichen Grund des Freiburg-Aufenthalts der Fryburger konzentrieren, das jeweilige Studium, und reduzierte die Präsenzpflicht ihrer Mitglieder auf ein vernünftiges Mass. Zugleich wurde der verpönte (und dennoch nach wie vor in gewissen Verbindungen vorhandene) Trinkzwang abgeschafft, bei grundsätzlicher Beibehaltung des Komments (dem einer Verbindung eigenen Regelwerk der Trinksitten). Damit war die sogenannte Reformbewegung des Schw. StV in Freiburg angekommen und die AV Fryburgia war nach der AV Berchtoldia (Bern) die zweite Reformverbindung. Die AV Froburger (Basel) und die AV Welfen (Zürich) zogen nach.
Frühere Geschichte
Die AV Fryburgia gehörte anschliessend bis in die 70er-Jahre hinein zu den grossen und dominanten Verbindungen in Freiburg. Lediglich in den Kriegsjahren war das Verbindungsleben sehr eingeschränkt, weil ein grosser Teil der Verbindung im Aktivdienst war.
1937 ging aus der AV Fryburgia die Tochterverbindung AV Staufer hervor. Im Gegensatz zur Trennung von der AKV Alemannia fast 20 Jahre vorher, spaltete sich diese Verbindung aber in Freundschaft von der AV Fryburgia ab und zwischen den beiden Verbindungen bestanden stets freundschaftliche Banden. Dasselbe gilt auch für die CA Rezia, welche aus der Bündner Fraktion der Fryburgia im Jahr 1957 entstand.
Jüngere Geschichte
Im Zuge der 68er Bewegung kam es im Schw. StV abermals zu einer Reformbewegung. Ausgerechnet im Amtsjahr des Centralpräsidenten Altermatt v/o Solo (heute emeritierter Professor der philosophischen Fakultät und Altherr der AV Fryburgia) beschloss die Generalversammlung des Schw. StV, dass die Verbindungen jeweils für sich entscheiden können, ob sie künftig auch Frauen in die Aktivitas aufnehmen wollen. Im Gegensatz zu ihren Tochterverbindungen entschied sich die AV Fryburgia dafür, es beim status quo zu belassen und weiterhin nur männliche Studenten in ihre Reihen aufzunehmen. So kam es, dass die Fryburgia heute die einzige männliche StV-Verbindung auf dem Platz Freiburg ist, welche nicht dem konservativen Block (dem Bund akademischer Kommentverbindungen) angehört.
Die 68er-Bewegung brachte es auch mit sich, dass die Studentenverbindungen trotz – oder auch wegen – der Öffnung für Frauen schrumpften. Auch die Mitgliederzahlen der AV Fryburgia gingen zurück und pendelten sich trotz zwischenzeitlichen Hochs auf einem deutlich tieferen Niveau ein. Dennoch durchlebte die Verbindung weiterhin sehr gute Zeiten und konnte in den 80er-Jahren mit Kurt Furgler v/o Müli und Hans Hürlimann v/o Tiger als bisher einzige Verbindung sogar gleichzeitig zwei amtierende Bundesräte stellen!
